Bodenmikroben, die Krankheiten bei Pflanzen, Menschen und Tieren verursachen, werden als Bodenpathogene bezeichnet. Invasive Bodenpathogene beeinträchtigen die nützlichen Bodenmikrobengemeinschaften und schränken das Pflanzenwachstum und die Pflanzenleistung ein. Die drei wichtigsten Mikrobengruppen haben den stärksten Einfluss auf die Zusammensetzung und Funktion des Ökosystems: Bodenpathogene (Pilze, Bakterien und Viren), bodenpathogene Parasiten (Nematoden), wechselseitige Symbionten und Zersetzer.