Die Wechselwirkungen zwischen der Wirtspflanze und ihren Pathogenen (Bakterien, Pilze, Viren, Oomyceten und Nematoden) werden als Pflanze-Pathogen-Interaktionen beschrieben. Zur Entwicklung krankheitsresistenter Pflanzen werden fortschrittliche genetische und statistische Methoden angewendet. Die am meisten untersuchten Pflanzenpathogene sind Bakterien ( Pseudomonas syringae , Fadenwurm ( Meloidogyne incognita , Heterodera schachtii ).