Unter Bodenbiotechnologie versteht man die Untersuchung der Manipulation der mikrobiellen Bodenflora und ihrer Stoffwechselaktivitäten zur Erhaltung und Sanierung der Böden. Dabei handelt es sich um den aufstrebenden Bereich der Biotechnologie, dessen Hauptaugenmerk auf der Nutzung von Bodenmikroben zur Verbesserung der physikalischen Eigenschaften des Bodens, der Verfügbarkeit von Nährstoffen für Pflanzen, dem Abbau xenobiotischer und anderer Abfälle, der Bekämpfung bodengeborener Pflanzenpathogene und der Verbesserung der Pflanzengesundheit liegt und den Schutz des natürlichen Ökosystems. Die Identifizierung und Entwicklung neuer mikrobieller Wirkstoffe zur biologischen Bekämpfung von Pflanzenschädlingen, zur Modifikation von Pflanzenpathogenen zur Verringerung der Virulenz und zur biologischen Sanierung von Böden ist der revolutionierende Aspekt der Biotechnologieindustrie.