Die positive gegenseitige Verbindung zwischen Pflanzen- und Pilzgemeinschaften ist für das Wachstum und die Verbesserung der Pathogenresistenz der Wirtspflanzen von entscheidender Bedeutung. Die wichtigsten potenziellen Mykorrhiza-Assoziationen, über die bei verschiedenen Arten von Mykorrhiza-Pilzen berichtet wird, sind arbuskuläre Mykorrhiza, Ektomykorrhiza, Ericoid-Mykorrhiza und Orchideen-Mykorrhiza, die eine Schlüsselrolle in der Dynamik des Pflanzen- und Bodenökosystems spielt. Die Pyrosequenzierungsanalyse der Wurzeln ist eine der fortgeschrittenen Techniken zur Untersuchung der wurzelassoziierten Pilzgemeinschaften.
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