Beim molekularen Klonen handelt es sich um eine Reihe von Methoden, mit denen rekombinante DNA aus einer prokaryotischen oder eukaryotischen Quelle in ein Reproduktionsvehikel, beispielsweise Plasmide oder virale Vektoren, eingebettet wird. Unter Klonen versteht man die Herstellung verschiedener Duplikate eines DNA-Stücks, beispielsweise eines Gens. Unter molekularem Klonen versteht man die Trennung einer DNA-Anordnung von einer beliebigen Spezies und deren Einschluss in einen Vektor zur Vermehrung, ohne dass die erste DNA-Sukzession verändert wird.