Unter Aphonomie versteht man die Untersuchung dessen, was mit einem Organismus nach seinem Tod und bis zu seiner Entdeckung als Fossil geschieht. Dazu gehören Zersetzung, postmortaler Transport, Bestattung, Verdichtung und andere chemische, biologische oder physikalische Aktivitäten, die sich auf die Überreste des Organismus auswirken. Die Fähigkeit, taphonomische Prozesse zu erkennen, die stattgefunden haben, kann oft zu einem besseren Verständnis der Paläoumgebung und sogar der Lebensgeschichte des einst lebenden Organismus führen.