Molekulare Evolution ist der Prozess der Veränderung der Sequenzzusammensetzung des genetischen Materials in Populationen von Organismen. Das genetische Material besteht generationsübergreifend aus DNA, RNA und Proteinen. Die Revolution in der DNA-Technologie war ein großer Fortschritt, da die DNA aufgrund ihrer Beschaffenheit als Dokument der Evolutionsgeschichte verwendet werden kann. Vergleiche der DNA-Sequenzen verschiedener Gene zwischen verschiedenen Organismen können uns Aufschluss über die Beziehungen von Organismen geben, die nicht möglich sind korrekt aus der Morphologie abgeleitet. Ein eindeutiges Problem besteht darin, dass die DNA selbst ein verstreutes und fragmentarisches Dokument der Geschichte ist und wir uns vor den Auswirkungen von Veränderungen im Genom in Acht nehmen müssen, die unser Bild von der Evolution des Organismus verzerren können.