Unter Phylogenetik versteht man das Studium der Phylogenie bzw. der Evolutionsgeschichte, Entwicklung und Beziehungen zwischen Gruppen von Organismen (z. B. Arten oder Populationen). Diese werden durch molekulare Sequenzierungsdaten und morphologische Datenmatrizen oder Informationen über die physikalischen Eigenschaften verschiedener Arten zu verschiedenen Zeiten entdeckt. Phylogenetische Bäume veranschaulichen die evolutionären Beziehungen zwischen Gruppen von Organismen oder zwischen einer Familie verwandter Nukleinsäure- oder Proteinsequenzen. Die Phylogenetik befasst sich hauptsächlich mit physischen oder morphologischen Merkmalen wie Größe, Farbe, Anzahl der Beine usw. Die moderne Phylogenie verwendet Informationen, die aus genetischem Material, hauptsächlich DNA- und Proteinsequenzen, extrahiert werden. Bei den verwendeten Zeichen handelt es sich in der Regel um DNA- oder Proteinstellen. Die Beziehungen zwischen den Arten werden dann aus gut konservierten Blöcken im Alignment mehrerer Sequenzen abgeleitet, eine von jeder untersuchten Art.