Molekulare Modellierung ermöglicht es Wissenschaftlern, mithilfe von Computern Moleküle zu visualisieren. Dabei handelt es sich um die numerische Darstellung molekularer Strukturen und die Simulation ihres Verhaltens mit den Gleichungen der Quantenphysik und der klassischen Physik.
Das Ziel der molekularen Modellierung besteht darin, ein ausreichend genaues Modell des Systems zu entwickeln, sodass ein physikalisches Experiment nicht erforderlich ist.
Die molekulare Modellierung hat sich in den letzten Jahrzehnten von einem Werkzeug zur Visualisierung dreidimensionaler Datenbanken erweitert .