Archiv der Transplantation folgt einem Single-Blind-Peer-Review-System, bei dem die Gutachter die Identität der Autoren kennen, die Autoren jedoch die Identität der Gutachter nicht kennen. Für jeden Artikel in jeder Ausgabe gibt es mindestens vier Rezensenten.
Jedes eingereichte Manuskript wird einer vorläufigen Qualitätskontrolle durch die Redaktion unterzogen, gefolgt von einem externen Peer-Review-Verfahren. Normalerweise ist die vorläufige Qualitätskontrolle innerhalb von 7 Tagen abgeschlossen und bezieht sich hauptsächlich auf die Formatierung der Zeitschrift, die englischen Standards und den Umfang der Zeitschrift.
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