Zeitschrift für Veterinärwissenschaft und medizinische Diagnose

Tendenzclusteranalyse auf Basis der Deep Sequencing-Datenbank zur Erforschung des Reaktionsmechanismus von Endothelzellen aus Nabelschnurvenen von Schweinen auf eine Infektion mit dem klassischen Schweinepestvirus

Xiaocheng Gong, Xin You, Xuepeng Li, Aoxue Hu, Zhongxing Wu, Jun He und Pengbo Ning

Endothelzellen sind eines der Hauptziele einer Infektion mit dem klassischen Schweinepestvirus (CSFV), das die klassische Schweinepest (CSF) verursacht. Obwohl die Pathogenese von CSF seit langer Zeit untersucht wird, bedarf es noch immer einer neuen Methode, um den zugrundeliegenden Mechanismus aufzuklären. Eine auf Tiefensequenzierung basierende Genomanalyse bietet die Möglichkeit für weitere Studien des CSFV-Infektionsmechanismus. In dieser Arbeit wurden Tendenzclusteranalysen und bioinformatische Analysen entwickelt, um die signifikanten Genreaktionen von Endothelzellen auf CSFV zu interpretieren. Es wurden Schlüsselgene identifiziert, die zu CSFV-Shimen beitragen und sich von denen einer CSFV-C-Infektion und der Kontrolle unterscheiden. GO- (Gen-Ontologie) und KEGG-Analysen deuteten darauf hin, dass eine CSFV-Shimen-Infektion Änderungen in biologischen Prozessen wie der zytoplasmatischen Sequestrierung von NF-kappaB, der Regulierung des apoptotischen Prozesses und des Toll-like-Rezeptor-4-Signalwegs verursachte. Außerdem gab es während des Shimen-Befalls eine signifikante Reaktion des PI3K-Akt-Signalwegs, der viralen Myokarditis, des Prolaktin-Signalwegs usw. Eine Trendanalyse auf Basis von Serienclustern für eine Deep-Sequencing-Datenbank lieferte eine bessere Interpretation von CSFV Shimen, was wertvollere Informationen zum Verständnis der Entwicklung von CSF lieferte.