Zeitschrift für Blutforschung und hämatologische Krankheiten

Erfolgreiches Next-Generation-Sequencing (NGS) zur Exomanalyse aus formalinfixierten und paraffineingebetteten Tumorgewebeproben (FFPE)

M. Luisa Villahermosa

Formalinfixiertes, paraffineingebettetes Tumorgewebe (FFPE) wird in der klinischen Praxis wahrscheinlich zur Gewebekonservierung für die Next Generation Sequencing (NGS)-Analyse bevorzugt. Die Effizienz der Exomsequenzierung aus FFPE-Gewebe hängt von der Menge und Qualität der extrahierten DNA ab. Zur Generierung genauer NGS-Daten haben wir ein spezielles Protokoll implementiert, um eine genaue Sequenzierung der Exome zu erreichen. Wir analysierten 21 Gewebeproben, die bei der Diagnose von Patienten mit soliden Tumoren entnommen wurden, mit Ion ampliseqTM Exome RDY (Thermofisher) mit dem Ziel, Keimvarianten zu erkennen. Die Konzentration genomischer DNA (gDNA) wurde mittels Qubit®-Fluorometrie quantifiziert und ihre Qualität mithilfe von RNase P Taqman bestimmt. Unter Berücksichtigung des Degradationsstatus wurden korrekte NGS-Bibliotheken erhalten: Wir erhöhen die gDNA-Menge zur Durchführung der Bibliothek entsprechend den Daten, die wir mit der RNase P-Analyse in jeder Probe erhalten haben.